某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。

警方设立一个名为“2002”的部门，专门对付祸害人间的游魂野鬼。部门内潮（谢霆锋 饰）是拥有阴阳眼的人类，Sam（李灿森 饰）则是个鬼魂，整个部门便由这一人一鬼组成。期间他们遇到了形形式式的加害人类的鬼魂，并一一收复了。后来潮受死去的四婆所托，帮忙照顾住院中的孙女Rain（李彩桦 饰）。潮爱上了医院

夜幕下的汉东省京州市，看似平静的官场霎时间阴云密布。国家部委项目处处长赵德汉涉嫌受贿，遭到最高人民检察院反贪总局侦查处处长侯亮平（陆毅 饰）的突击调查。与此同时，侯亮平要求在京州市反贪局担任局长的老同学陈海协助调查有行贿嫌疑的京州市副市长丁义珍。陈海嫉恶如仇，准备行动， 却被检察长季昌明拦下，一同前

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…

15年前的一桩交通事故，令一个男人（黄秋生 饰）死于车底。他的头被卡在车身地下，身体却走了一段路后才倒下。这个恐怖的场面，被一个小女孩看到了，吓得目瞪口呆。

故事描述，刘代师傅主持国术会，一向平安无事，适逢会馆搬迁，刘派女儿惠英红接掌；新旧派作风回异，刘只得离去；后因惠频惹是非，刘闻讯即回巢声援……

在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。